哲學學科負責人為唐文明教授。

哲學系為哲學學科門類和哲學一級學科單位，包括哲學全部7個二級分支學科。其中，倫理學是清華哲學系的優勢學科；馬克思主義哲學、中國哲學和外國哲學是清華哲學系重點建設學科； 邏輯學是清華哲學系的傳統特色學科。2008年，本系倫理學被評為北京市重點學科。

在“985二期”建設期間，哲學系將繼續承擔哲學一級學科建設的主要工作，并以此為平臺，追求學科建設的內涵式發展。具體目標是：

（1）從師資配制、人才培養、教學體系和學術研究諸方面深化各二級學科建設；

（2）集中力量，優先發展馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學三個學科；

（3）以最快的速度，將哲學系優勢學科倫理學建設成為全國重點學科；

（4）再以若干年的時間，力爭將清華哲學系哲學一級學科建設成為全國重點學科；

（5）通過5 - 10年的努力，建設2 - 3個國內領先、國際一流的哲學二級學科，進而把清華大學哲學系建成國內外知名的一流學科系。